-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
Copy pathGnebit.py
311 lines (285 loc) · 12.2 KB
/
Gnebit.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
# インポート
import tkinter as tk
from tkinter import ttk
from tkinter import filedialog
from tkinter import messagebox
import webbrowser
import tempfile
### 関数 ###
# Manualボタン
def manual_func():
# テキストボックスのデータ消去
txtbox.delete("1.0","end")
# テキストボックスへ書込み
keyword = '''
$CONTRL RUNTYP=NEBPATH $END
$NEB OPTMZR=QUICKMIN VIAPNT=.F. $END
$NEB MORINT=.T. MOLSYM=.F. UNTCRD=ANGS $END
$NEB NBEADS=15 MAXCYC=500 $END
$NEB OPTTOL=0.001D+00 QUCKDT=0.2D+00 SPFORC=0.5D+00 $END
$DATA
$END
$DATAPD
$END
!$DATAV
!$END
'''
txtbox.insert("1.end", keyword)
# 一時ファイルからテキストボックスへ挿入
def temp_read():
# テキストボックスのデータ消去
txtbox.delete("1.0","end")
try:
# テキストボックスへ書込み
fp.seek(0)
txtbox.insert("1.end", fp.read())
fp.close()
except:
# エラー通知
messagebox.showerror("Error", "No Temporary File!!")
# Autoボタン
def auto_fuc():
global fp
# 一時ファイル作成
fp = tempfile.TemporaryFile(mode = "a+")
# 反応物のファイル選択
typ = [("Reactant","*.out"), ("Reactant","*.gam"), ("Reactant","*.log"), ("All Files","*.*")]
data_path = filedialog.askopenfilename(filetypes = typ)
# データが選択された場合
if len(data_path) != 0:
# outputファイルのリスト化
with open(data_path,"r") as outfile:
data = outfile.readlines()
try:
##### 入力ファイルのキーワード追加 #####
# リストから検索文字列の行番号取得
for linenum, line in enumerate(data):
if "INPUT CARD>" in line:
finalnum = linenum
# 検索行を抽出 (＆不要なINPUT CARD>と空白を削除, OPTIMIZEをNEBPATHに置換)
words = data[finalnum].replace(" INPUT CARD>", "").replace("RUNTYP=OPTIMIZE", "RUNTYP=NEBPATH").rstrip() + '\n'
# $DATA行で終了
if words == " $DATA\n":
# DATA+3行取得
for linenum, line in enumerate(data):
if "$DATA" in line:
finalnum = linenum
# 検索文字列の3行目までを抽出
words = data[(finalnum):(finalnum+3)]
# 一時ファイルへ書込み
fp.write(''' $CONTRL RUNTYP=NEBPATH $END
$NEB OPTMZR=QUICKMIN VIAPNT=.F. $END
$NEB MORINT=.T. MOLSYM=.F. UNTCRD=ANGS $END
$NEB NBEADS=15 MAXCYC=500 $END
$NEB OPTTOL=0.001D+00 QUCKDT=0.2D+00 SPFORC=0.5D+00 $END
''')
for line in words:
fp.write(line.replace(" INPUT CARD>", "").rstrip() + '\n')
break
else:
# 一時ファイルへ書込み
for line in words:
# 検索文字列がない行で処理を終了
if line == None:
break
else:
fp.write(line)
##### 最適化座標1(反応物)追加 #####
# 変数削除
del finalnum
# リストから検索文字列の行番号取得
for linenum, line in enumerate(data):
if "COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS)" in line:
finalnum = linenum
# 検検索文字列の3行目から最終行までリスト内要素を抽出
words = data[(finalnum+3):]
# 一時ファイルへ書込み
for line in words:
# 最初の空行で処理を終了
if line == "\n":
fp.write(" $END\n\n $DATAPD\n")
break
else:
fp.write(line)
##### 最適化座標2(生成物)追加 #####
# 変数削除
del finalnum
typ = [("Product","*.out"), ("Product","*.gam"), ("Product","*.log"), ("All Files","*.*")]
data_path = filedialog.askopenfilename(filetypes = typ)
# データが選択された場合
if len(data_path) != 0:
# outputファイルのリスト化
with open(data_path,"r") as outfile:
data = outfile.readlines()
# リストから検索文字列の行番号取得
for linenum, line in enumerate(data):
if "COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS)" in line:
finalnum = linenum
# 検検索文字列の3行目から最終行までリスト内要素を抽出
words = data[(finalnum+3):]
# 一時ファイルへ書込み
for line in words:
# 最初の空行で処理を終了
if line == "\n":
fp.write(" $END\n\n!$DATAV\n!$END\n")
break
else:
fp.write(line)
# テキストボックスへ結果の挿入
temp_read()
else:
# 一時ファイル削除
fp.close()
except:
# エラー通知
messagebox.showerror("Error", "No Required Data!!")
# 一時ファイル削除
fp.close()
# Analysisボタン
def analysis_fuc():
global fp
# 一時ファイル作成
fp = tempfile.TemporaryFile(mode = "a+")
# 反応物のファイル選択
typ = [("Output File","*.out"), ("Output File","*.gam"), ("Output File","*.log"), ("All Files","*.*")]
data_path = filedialog.askopenfilename(filetypes = typ)
# データが選択された場合
if len(data_path) != 0:
# outputファイルのリスト化
with open(data_path,"r") as outfile:
data = outfile.readlines()
try:
# Summary抽出
for linenum, line in enumerate(data):
if "Exiting NEB_run routine" in line:
finalnum = linenum
# 検索文字列の6行目から最終行までリスト内要素を抽出
words = data[(finalnum+6):]
# 一時ファイルへ書込み
fp.write(" ------------------------------\n Exiting NEB_run routine\n ------------------------------\n*** Summary ***\n")
for line in words:
# 最初の空行で処理を終了
if line == "\n":
fp.write("\n")
break
else:
fp.write(line)
# 座標抽出
for linenum, line in enumerate(data):
if "Chem3D input in cc1 format for a movie" in line:
finalnum = linenum
# 検索文字列から最終行までリスト内要素を抽出
words = data[(finalnum):]
# 一時ファイルへ書込み
for line in words:
# 最初の空行で処理を終了
if line == "\n":
break
else:
fp.write(line)
# テキストボックスへ結果の挿入
temp_read()
except:
# エラー通知
messagebox.showerror("Error", "No Required Data!!")
# 一時ファイル削除
fp.close()
else:
# 一時ファイル削除
fp.close()
# ファイル保存
def save_file():
# 保存ダイアログの表示
typ = [("Input File","*.inp"), ("Text Files","*.txt")]
save_path = tk.filedialog.asksaveasfilename(filetypes = typ, defaultextension = "inp")
if len(save_path) != 0:
# ファイルが選択された場合データを書き込み
with open(save_path, "w") as file:
# テキストボックスの値を取得
data = txtbox.get("1.0", "end")
file.write(data)
# HP(配布ページ)へアクセス
def hp_web():
hp_url = "http://pc-chem-basics.blog.jp/archives/25967142.html"
webbrowser.open(hp_url)
# NEB Keywords(キーワードの概要ウインドウ)
def info_window():
# サブウインドウの作成
sub_window = tk.Toplevel(root)
sub_window.resizable(width = False, height = False)
# フレーム
sub_frame = ttk.Labelframe(sub_window, text = " $NEB OPTIONS (Default) ")
sub_frame.pack(padx = 10, pady = 10)
# ラベル
label = tk.Label(sub_frame, justify = "left", text = '''
Number of beads (NBEADS) = 15
Spring force constant (SPFORC) = 0.50000 (hartree/bohr)
Optimizer (OPTMZR) = QUICKMIN (or DIISBFGS)
Via-point structure (VIAPNT) = F (or T ($DATAVI～$END))
Transition-state search (TALOCT) = F
Unit for coordinates (UNTCRD) = ANGS (or BOHR)
Maximum cycle number (MAXCYC) = 500
Distance multiplier for quick-min (QUCKDT) = 0.20000 (bohr)
Tolerance for geometrical optimization (OPTTOL) = 0.00100 (au/bohr)
Caution for molecular orientation (MORINT) = F
Caution for molecular symmetry (MOLSYM) = F
Restart option (RESTRT) = F
Number of the cycles (ISTART) = 0
Parallel computation (GOPARR) = T
''')
label.pack(padx = 20)
### GUI ###
# ウインドウの作成
root = tk.Tk()
root.title("Gnebit Ver.1.0.0")
root.minsize(width=500, height=200)
# フレーム
frame = ttk.Frame(root, padding = 5)
frame.pack(padx = 5, pady = 5, fill = tk.BOTH)
frame1 = ttk.Labelframe(frame, text = "INPUT", padding = 5)
frame1.pack(padx = 5, pady = 5, anchor = tk.W, side = tk.LEFT)
frame2 = ttk.Labelframe(frame, text = "OUTPUT", padding = 5)
frame2.pack(padx = 5, pady = 5, anchor = tk.W, side = tk.LEFT)
frame3 = ttk.Frame(root, padding = 5)
frame3.pack(padx = 5, pady = 5, fill = tk.BOTH, expand =1)
# Manualボタン
manual_button = tk.Button(frame1, text = "Manual", command = manual_func)
manual_button.pack(side = tk.LEFT, padx = 5, pady = 5)
# Autoボタン
auto_button = tk.Button(frame1, text = "Auto", command = auto_fuc)
auto_button.pack(side = tk.LEFT, padx = 5, pady = 5)
# Analysisボタン
auto_button = tk.Button(frame2, text = "Analysis", command = analysis_fuc)
auto_button.pack(side = tk.LEFT, padx = 5, pady = 5)
# テキストボックス
txtbox = tk.Text(frame3, width = 110, height = 30, wrap = "none")
# スクロールバー作成
yscroll = tk.Scrollbar(frame3, orient = tk.VERTICAL, command = txtbox.yview)
txtbox["yscrollcommand"] = yscroll.set
yscroll.pack(side = tk.RIGHT, fill = tk.BOTH)
xscroll = tk.Scrollbar(frame3, orient = tk.HORIZONTAL, command = txtbox.xview)
txtbox["xscrollcommand"] = xscroll.set
xscroll.pack(side = tk.BOTTOM, fill = tk.BOTH)
# テキストボックスの配置
txtbox.pack(fill = tk.BOTH, expand =1)
# メニューバーの作成
menubar = tk.Menu(root)
root.configure(menu = menubar)
# File メニュー
filemenu = tk.Menu(menubar, tearoff = 0)
menubar.add_cascade(label = "File", menu = filemenu)
# File メニューの内容
filemenu.add_command(label = "Save as...", command = save_file)
filemenu.add_separator()
filemenu.add_command(label = "Exit",
command = lambda: root.destroy())
# Help メニュー
helpmenu = tk.Menu(menubar, tearoff = 0)
menubar.add_cascade(label = "Help", menu = helpmenu)
# >NEB Keywords
helpmenu.add_command(label = "NEB Keywords", command = info_window)
helpmenu.add_separator()
# >Manual
helpmenu.add_command(label = "Manual", command = hp_web)
# ウインドウ状態の維持
root.mainloop()