GraphicsMagick est un outils utilisable en ligne de commande qui permet de modifier des images (redimensionner, couper, changer les couleurs...). On peut alors automatiser les modifications à apporter sur les images et traiter un grand nombre d'images en une seule commande.
Pour cela il est important d'accorder un grand soin à la prise des photos.
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Conditions d'éclairage
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Taille de la photo
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Position du sujet
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Qualité de l'image (préféré le
pngauJPEG) -
Nom des photos sans espace, parenthèse, caractère spéciaux à l'exception de
-ou_Ainsi, un fichier du type
2021 02 04 JC 50 (4).JPGdevra être renommé en20210204_JC_50-4.JPG
- Plug-in your drive into the computer’s USB port.
- Open up File Explorer and right-click on the drive.
- Choose Format.
- In the File System dropdown, choose exFAT. Possible you might get NTFS or FAT32.
- Click Start and close this window when finished.
L'objectif est de "croper" la photo pour ne garder que la plante plus ou moins au centre de la photo
Dans l'exemple ci dessous, la plante n'est pas au milieu de la photo originale.
On se place dans le répertoire contenant les fichiers
cd /PATH_TO_file/On utilise la commande suivante :
gm convert image_file -gravity center -crop lengthxwidth+0+0 image_file_modified avec :
-gravity center indique la position du sujet, ici au centre
-crop définit l'action à réaliser
lengthxwidth+0+0definit la taille finale de l'image + de combien on décale l'angle supérieur de l'image par rapport à l'image initiale (cela permet de centrer le sujet surtout si celui ci n'était pas correctement centré au départ)
Pour l'exemple la commande devient alors :
gm convert 20210308_hflx13-20.JPG -gravity center -crop 1900x1500+300+200 20210308_hflx13-20_modified.JPGla photo est modifiée :
Si l'on souhaite traiter toutes les images contenues dans un répertoire, alors la commande devient :
for F in *.JPG; do echo $F; gm convert $F -gravity center -crop 1900x1500+300+200 ${F%.*}_modified.JPG; doneLa modification se fait en deux temps : il faut d'abord "croper" la photot pour ne garder que le plateau puis découper chaque pot pour n'avoir qu'une plante par image.
Pour cet exemple :
On se place dans le répertoire contenant les fichiers
cd /PATH_TO_file/On utilise le même type de commande que précédemment en modifiant les paramètres :
gm convert 20210204_JC_50-4.JPG -gravity center -crop 2748x2000+230+0 20210204_JC_50-4_modified.JPGLa valeur 2478 est choisie car c'est un multiple exact de 6, nombre par lequel il faudra la divisé dans l'étape suivante.
On peut maintenant découper chaque pot
gm convert -crop 458x500 20210204_JC_50-4_modified.JPG +adjoin 20210204_JC_50-4_modified-%d.JPGChaque fichier de sortie est nomé en ajoutant un n° d'ordre de 0 à 23. Les images sont découpée de gauche à droite et de bas en haut. Ainsi le fichier indexé 0 correspond au premier pot de la premiere ligne, le fichier indexé 6 correspond au dernier pot de la premiere ligne, le fichier indexé 7 correspond au premier pot de la deuxième ligne et ainsi de suite.
Pour traiter plusieurs images en une seule fois et pour renommer les images en remplaçant l'index par le nom de la lignée on va utiliser le script plateau.sh
Le script :
- "crope" la photo pour ne garder que le plateau
- remplace le fichier original par le fichier rogné (il est préférable d'avoir une sauvegarde des fichier ailleurs)
- découpe l'image en 24 carrés
- renomme les fichier en remplaçant l'index par le nom des lignées grâce au fichier
layout.txt
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Organisation des fichiers
- Créer un répertoire
plateau - Placer dans
plateaules fichiers à traiter (garder une copie des fichiers dans un autre répertoire) - Placer dans
plateaule scriptplateau.shet le fichierlayout - Créer un répertoire de sortie
outqui contiendra les résultats
- Créer un répertoire
-
Fichier layout
Le fichier
layoutva indiquer la position des lignées sur le plateau. Il sera formé de 4 lignes et 7 colonnes séparées par des tabulations. Il faut créer ce fichier dans un éditeur de texte (surtout pas dans word !). On a une lignée par ligne, pour chaque lignée les positions sur le plateau. Ainsi les index 0 à 23 générés lors de la découpe de l'image seront remplacés par le nom de la lignée correspondant.exemple de tableau :
hflx1-2 0 1 2 9 10 11 hflx1-1 3 4 5 6 7 8 Col0 12 13 14 21 22 23 hflx1-3 15 16 17 18 19 20
Dans ce cas la photo qui serait nommée
file_14.JPGdeviendrafile_Col0-3.jpg
💡 Pour facilement créer le fichier
layout:Installer Notepad++
Dans ``sélectionner fin de ligne à la linux
Créer votre tableau de Layout dans excel
Copier le tableau dans Notepad++
Vous obtenez un tableau avec des colonnes séparées par des tabulations
Pour s'assurer des tabulations et du type de fin de ligne affichez les marques de paragraphe .
Se placer dans le répertoire plateau
cd /PATH_TO/plateau/S'assurer que l'on a bien tous les éléments :
ll- les fichiers images
- Le script
plateau.sh - le fichier
layout.txt - le répertoire
out
Exécuter le script
./plateau.shLes fichiers correctement nommés sont créer dans le répertoire out
Cette commande est destinée à être utiliser avec l'outil sous R Pliman pour la mesure des graines et des feuilles détachées.
On utilise la commande composite et l’option -geometry pour que l’image ajouté soit décollée de l’angle.
- Pour une image
gm composite -geometry +100+150 Path/to/photo_a_ajouter /Path/to/photo_de_fond output- Pour une série de photos
Faire un répertoire dans lequel se trouve les photos sur lesquelles on veut ajouter une image : photo_de_fond
Se placer dans ce répertoire
cd /Path/to/photo_de_fond Puis exécuter la commande
For F in *.jpg; do echo $F; gm composite -geometry +100+150 Path/to/photo_a_ajouter $F ${F%.*}_modified.JPG; done