Врачи "Диагностического центра лабораторных исследований департамента здравоохранения города Москвы" предоставили для данной задачи результаты цитологических исследований мазков из цервикального канала и шейки матки (ПАП-тест).
По данным изображениям клеточных структур требовалось реализовать семантическую (semantic) и инстанс (instance) сегментации клеток и клеточных ядер плоского эпителия.
В процессе решения задачи семантической сегментации были реализованы классические методы, такие как пороговая сегментция, сегментация методом водоразделов, алгоритмом k-means и прочие. Для задачи инстанс-сегментации использовался подход с помошью водоразделов, а также c помощью нейронной сети StarDist, которая имеет широкое применение в области сегментации цитологических изображений. Разметка изображений для задачи обучения сети осуществлялась в приложении QuPath.
Полный репозиторий со всеми фотографиями, размеченными масками и обученными моделями можно скачать по ссылке:
Решение данного проекта представлено в формате четырех документов:
- Код сегментации часть 1 - segmentation_part_1.ipynb
- Код сегментации часть 2 - segmentation_part_2.ipynb
- Код для обучения нейронной сети - training.ipynb
- Текстовый отчет в формате pdf - report.pdf